Jones có trận ra mắt trong màu áo đội tuyển quốc gia vào ngày 5 tháng 2 năm 2007 để thay thế Mark Schwarzer trong một trận giao hữu.[5]

Jones được ra sân từ đầu lần đầu tiên trong màu áo đội tuyển vào ngày 2 tháng 6 gặp đội tuyển bóng đá quốc gia Uruguay. Uruguay sau đó thắng 2-1 sau khi Jones lao ra bắt một quả tạt bóng, trái bóng bay qua hai tay anh và rơi vào đúng vị trí Álvaro Recoba và cầu thủ này đánh đầu vào lưới trống.

Jones là thành viên đội tuyển bóng đá quốc gia Úc tham dự Asian Cup 2007 lần đầu tiên, nhưng anh không được ra sân trận nào.

Sau khi được chọn là một trong 3 thủ môn của đội tuyển Úc tham dự World Cup 2010,[6] anh rời đội tuyển để trở về gia đình sau khi nghe tin con trai anh bị bệnh ung thư bạch cầu,[7] và anh không thể trở lại giải đấu.[8]

Anh tiếp tục có tên trong danh sách 23 cầu thủ tham dự World Cup 2018 nhưng không có cơ hội ra sân, đội tuyển Úc đã rời giải với vị trí cuối bảng C.